Ansatsu Kyoushitsu mengambil tempat di sebuah dunia di mana sebuah makhluk misterius berbentuk tentakel raksasa, yang dikenal sebagai Koro-sensei, mengancam untuk menghancurkan Bumi dalam waktu satu tahun. Namun, dia menawarkan kesepakatan yang tidak biasa kepada manusia: dia akan mengajar kelas 3-E di Sekolah Menengah Kunugigaoka, yang terdiri dari murid-murid yang dianggap gagal oleh sekolah.
Murid-murid Kelas 3-E diberikan tugas untuk membunuh Koro-sensei sebelum akhir tahun, sebagai cara untuk mencegah kehancuran Bumi. Sementara mereka berusaha untuk mencapai tujuan mereka, mereka juga belajar berbagai pelajaran hidup dari Koro-sensei, seperti kepercayaan diri, kerja sama tim, dan pentingnya belajar dari kesalahan.
Di tengah-tengah pelajaran mereka tentang pembunuhan dan persahabatan, murid-murid Kelas 3-E juga menemukan sisi manusiawi dari Koro-sensei, yang ternyata lebih kompleks daripada yang mereka kira. Sementara mereka berjuang untuk memahami tujuan sejati Koro-sensei, mereka juga harus menghadapi ancaman dari organisasi rahasia yang berusaha untuk membunuhnya sendiri.
Dengan kombinasi aksi yang mendebarkan, komedi yang menghibur, dan pesan-pesan yang mendalam tentang kehidupan dan persahabatan, Ansatsu Kyoushitsu menawarkan pengalaman yang unik dan mengasyikkan bagi para penontonnya. Dengan memadukan elemen-elemen cerita yang menghibur dengan karakter-karakter yang beragam, anime ini mengajarkan tentang nilai-nilai kehidupan sambil mempersembahkan petualangan yang seru.