Di Akademi True Cross, Rin Okumura tanpa sadar menemui tanda-tanda pertama bahwa ada yang tidak beres; orang-orang biasa telah memperoleh kemampuan untuk melihat makhluk tak terlihat yang berkeliaran di dunia manusia, Assiah. Sementara Rin melihat ini sebagai kesempatan untuk mendapatkan teman baru, saudara kembarnya, Yukio, lebih terbebani dari sebelumnya. Dibebani dengan pendidikannya, tugas-tugas exorcist, dan posisi mengajar, Yukio telah diam tentang kekuatannya yang terbangun, tidak dapat memahami skala atau signifikansinya.
Sementara Rin dan teman-temannya bersiap untuk Ujian Sertifikasi Exorcist tahunan, Ordo True Cross telah menemukan gerbang buatan pertama ke dunia setan Gehenna. Melihat ukurannya dan teknologi canggih yang membuatnya mungkin, para exorcist menyadari bahwa mereka sekarang berurusan dengan Illuminati, sebuah organisasi yang sangat kaya dan berkuasa. Lebih dari itu, Illuminati yang tak terbaca telah menanamkan tiga mata-mata di Ordo True Cross—dan salah satunya mungkin bersembunyi di antara calon exorcist yang bersumpah melindungi umat manusia dari ancaman setan.
