Di musim kedua Ansatsu Kyoushitsu, cerita berlanjut dari pertarungan sengit antara murid-murid Kelas 3-E dan Koro-sensei, makhluk tentakel raksasa yang mengancam untuk menghancurkan Bumi dalam setahun. Meskipun tugas utama mereka tetap sama – membunuh Koro-sensei sebelum waktu habis – murid-murid Kelas 3-E juga harus menghadapi berbagai tantangan baru, termasuk ancaman dari musuh-musuh yang lebih kuat dan plot yang lebih rumit.
Sementara mereka terus berjuang untuk mencapai tujuan mereka, murid-murid Kelas 3-E juga mulai memahami hubungan mereka dengan Koro-sensei dengan lebih baik. Mereka belajar tentang latar belakang dan motivasi sejati Koro-sensei, yang ternyata memiliki hubungan yang dalam dengan beberapa dari mereka.
Di samping pertempuran melawan Koro-sensei, murid-murid Kelas 3-E juga harus menghadapi ujian akademik dan tantangan lainnya yang menantang. Mereka belajar tentang kekuatan persahabatan, kerja tim, dan keberanian di tengah-tengah ketidakpastian dan ketakutan.
Dengan kombinasi aksi yang mendebarkan, humor yang menghibur, dan karakter-karakter yang kompleks, Ansatsu Kyoushitsu 2nd Season menghadirkan kelanjutan yang memikat dari cerita yang penuh dengan intrik dan emosi. Dengan menggali tema-tema seperti persahabatan, kepercayaan diri, dan rasa tanggung jawab, anime ini menyajikan pengalaman yang mendalam dan mengasyikkan bagi para penontonnya.