Dalam musim kedua dari Ajin, Kei Nagai terus berjuang dalam perangnya melawan pemerintah dan kelompok ekstremis Ajin yang dipimpin oleh Sato. Dalam upaya untuk melawan ketidakadilan dan penindasan terhadap Ajin, Kei bergabung dengan kelompok perlawanan yang terdiri dari orang-orang yang percaya pada hak asasi manusia, termasuk Ajin lainnya seperti Izumi Shimomura.
Namun, di tengah-tengah konflik yang semakin memanas, Kei harus menghadapi pertanyaan moral yang semakin sulit. Apakah dia harus menggunakan kekuatannya sebagai Ajin untuk melawan pemerintah, atau apakah dia harus mencari jalan damai untuk mencapai perdamaian? Sementara itu, Sato terus merencanakan serangan terhadap pemerintah dengan kejam, menghadirkan ancaman yang semakin besar bagi kedamaian dunia.
Dengan plot yang memikat dan karakter-karakter yang kompleks, Ajin musim kedua menggali lebih dalam tentang tema-tema filosofis tentang kehidupan, kematian, dan keadilan. Dengan aksi yang mendebarkan dan ketegangan yang terus meningkat, anime ini memperkuat posisinya sebagai salah satu serial yang paling menegangkan dan memikat dalam genre thriller.