Danganronpa: The Animation mengisahkan tentang sekelompok murid yang terjebak di dalam Akademi Puncak, sebuah sekolah bergengsi yang dikelilingi oleh dinding yang tidak dapat ditembus. Mereka dipaksa untuk mengikuti permainan maut yang dipimpin oleh seekor beruang aneh bernama Monokuma. Aturan permainan ini sederhana: untuk keluar dari akademi tersebut, seorang murid harus membunuh teman sekelasnya tanpa diketahui oleh yang lain. Namun, setelah pembunuhan terjadi, semua siswa harus melakukan penyelidikan untuk mencari tahu siapa pembunuhnya.
Pemain utama dalam cerita ini adalah Makoto Naegi, seorang murid biasa yang terpilih secara kebetulan untuk masuk ke Akademi Puncak. Bersama dengan siswa lain yang memiliki keahlian unik, mereka harus menghadapi teka-teki misterius yang dipimpin oleh Monokuma untuk menemukan pelaku setiap pembunuhan. Namun, di balik teka-teki tersebut, ada rahasia gelap yang mungkin mengungkap kebenaran yang mengejutkan tentang Akademi Puncak dan alasan di balik permainan maut yang menyeramkan ini. Dengan plot yang penuh dengan misteri, teka-teki yang rumit, dan karakter-karakter yang kompleks, Danganronpa: The Animation menawarkan pengalaman thriller psikologis yang mendebarkan bagi para penggemar anime.
